12根据国际惯例，中国对大多数出口产品实施增值税免税或征税，仅有对少部分不希望出口的货物征税出口增值税。根据增值税征管涉及法律法规，国家早已具体中止出口退税的货物，按国内销售税率征税增值税(或减免增值税)。自上世纪90年代开始少量出口尿素以来的二十多年里，中国尿素出口经历了13%全额出口退税、部分免税和中止免税，2014年涉及部门又开始筹划完全恢复征税增值税。中国尿素出口增值税免税始自税制改革的1994年，以后2004年3月15日暂停免税。
1994年1月1日起，《增值税暂行条例》实行，国内生产销售尿素产品由产品税改按13%较低税率征税增值税。同时，与其他化工产品一样，出口尿素实施增值税零税率，即归还国内生产销售环节实际开销的增值税(13%退税率)。1995年7月1日起，在其他商品普调过程中，尿素出口增值税退税率上调至10%;1996年1月1日起，再度上调至6%。
尽管有出口退税政策，但当时中国是尿素净进口国，只有在国内销售淡季部分沿海工厂少量出口。1994-1996年度，全国尿素年度出口量分别为5.6万吨、4.7万吨和19.7万吨。1999年至2003年，在出口退税政策的增进下，中国尿素出口很快减少。
亚洲金融危机后，为了增进出口，国家又多次下调出口商品的退税率，尿素出口退税亲率又分别于1999年1月1日和1999年7月1日起下调至9%和13%。1999年7月1日至2003年年底，这四年半的时间内，尿素出口13%全额免税。
再行再加国内生产环节增值税2001年度先征后抵、2002年度先征后抵50%的变换效应，中国尿素出口竞争强化，出口量较慢减少。2001年度中国尿素出口首超强百万吨大关，约127.1万吨;2003年度出口量约273.0万吨。
2004年起，将三农工作列入重中之重新一届党中央和国务院，把农业生产资料的国内供应和价格调控作为确保三农利益的一种措施，尿素的出口政策从此转入了容许出口的新阶段。重新加入了WTO后，中国外贸出口快速增长，全额免税也出了财政支出的众多开销。2003年底，国家启动出口退税制度改革，整体减少了出口退税亲率水平，实施了部分免税替换全额免税、加设未予免税品种等结构性调整。2004年1月1日起，尿素出口由13%全额免税下调为11%退税率;2004年3月16日起，尿素出口退税停止一年，这也是唯一一次在国务院文件必要具体尿素产品出口退税政策。
由于国际尿素市场价格较高，停止免税虽然适当减少了竞争力，但2004年度中国尿素出口量仍自创历史纪录，全年出口394.3万吨。随后，尿素停止免税大幅延后至今，出了长年未予免税的货物。根据财政部、国家税务总局《关于出口货物弃(免除)税若干明确问题的通报》(财税[2004]116号)，早已具体出口未予免税的货物，视同国内销售征税增值税。2004年3月16日当时的尿素国内销售增值税政策是：尿素生产企业生产销售尿素是先征后抵50%政策，中止免税后再行出口的尿素13%征收后再行按实际税负的一半归还生产企业;而贸易企业杂货、零售尿素按财政部、国家税务总局《关于农业生产资料征免增值税政策的通报》(财税[2001]113号)规定减免增值税，中止免税后再行出口尿素的贸易企业也视同国内杂货减免增值税(同时从生产企业获得的进项税不得抵扣，必要算入成本)。
2005年7月起，由于尿素国内销售变成征税，出口尿素按税法规定也减免增值税。经国务院表示同意，2005年5月23日财政部、国家税务总局公布《关于暂免征税尿素产品增值税的通报》(财税[2005]87号)，自2005年7月1日起，对国内企业生产销售的尿素产品增值税由先征后抵50%调整为暂免征税增值税。
此时再行出口尿素产品，不管是生产企业还是贸易企业皆继续执行视同内销的减免增值税政策。2014年国家有关部门开始筹划化肥行业增值税改革。若完全恢复征税增值税的政策以求通过并实行，根据《增值税暂行条例》所有化肥产品(除早已列为民爆用品管理的硝酸铵)限于13%较低税率，尿素出口也视同内销按13%税率征税增值税。
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